门诊部作为医院面向社会的重要服务窗口，同时也是连接医院内部各科室与患者之间的桥梁科室，设有综合门诊（内科、外科、中医科、康复科、骨科、妇科、儿科等学科诊室）、专家门诊、伤口门诊、静疗门诊、便民门诊、多学科门诊等，各诊室均由本市各公立医院工作多年、经验丰富的高年资医师、资深护师出诊，福建医科大学附属第二医院专家定期到院坐诊，全方位满足患者的不同健康需求。现有门诊部医护团队20多名，其中主任医师2名，副主任医师4名，主治医师7名。 
门诊部环境温馨舒适，设备设施齐全，设有门诊实行预约挂号、现场挂号等多种挂号方式，缩短患者等候时间，设立导诊台、服务中心，为患者提供就医咨询、导诊分流、健康宣教等服务，配置专用无障碍卫生间、候诊区、饮水机、轮椅、平车等便民服务措施。除日常诊疗服务外，门诊部还提供健康体检、慢性病管理、健康咨询等健康管理服务。